明治34年(1901年)12月16日設立新營庄停車場，同日起台南-新營庄間完工通車，大正9年(1920年)10月1日改為新營驛，後來因列車班次逐漸增加，於民國59年6月時後壁-新營-林鳳營間完成雙軌化通車。

　新營站第一代木造站房係完成於明治35年(1902年)4月，後因原木造站房不敷使用，於昭和11年(1936年)3月15日重建完成，新營站站房改建工程係由鐵道部改良課宇敷赳夫先生負責設計，站房結構係選用當時逐漸流行的水泥磚造結構，新營站結構也選用此型式取代以往木造結構的設計，基座及牆面均為磚造結構，樑柱為鋼筋水泥而屋頂部份則以瓦片覆蓋，為平衡地方發展，於民國106年8月11日起動工興建新營後站，為配合春節運輸之方便，於108年1月30日第一階段先行完工啟用。

　新營站於昭和11年(1936年)及民國53年，先後經兩次擴建後仍不敷使用，最後決定重建新站房(即現今使用之站房)，新站房面積達1,067平方公尺，於民國63年7月動工 ，64年12月重建完成。

　「新營」於明朝時開始開墾，當時曾設屯營於今鹽水區舊營里一帶，後再發展至今中營里一帶設立新設屯營，故將此地稱之為「新營」。